WebFeb 18, 2024 · 编者荐语: megan是一款非常优秀的物种分类工具,配合diamond比对,可以完成完整的物种分类鉴定工作,并可以完成很多可视化的工作,本来想系统介绍一下,发现宏基因组公众号已经有非常好的教程,这里引用过来分享给大家。以下文章来源于宏基因组 ,作者宏基因组 megan-宏基因组功能和物种分类 ... WebDIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are: Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 100x …
BLAST本地比对太慢,不怕用diamond - 简书
http://www.ayanokoujimonki.top/bioinformation/diamond%E7%9A%84%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%92%8C%E7%AE%80%E5%8D%95%E4%BD%BF%E7%94%A8.html WebJan 31, 2024 · $ tar xzf diamond-linux64.tar.gz. 2. 使用. 建立索引 $ diamond makedb --in nr.faa -d nr. 比对: $ diamond blastx -d nr -q reads.fasta -o m atches.m8 --sensitive-b 16.0 -e 1e-5 -q:可以是fasta或fastq(可以是压缩的) ... city club birmingham menu
blast主要方法使用总结(Linux) - 简书
WebDIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are: Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 100x-10,000x speed of BLAST. Protein clustering of up to tens of billions of proteins. Frameshift alignments for long read analysis. Web今天的推文给大家介绍一下钻石(diamond),目前的引用量已经超过1000,一款非常适合在处理大数据量的蛋白质或者核苷酸序列分析中替换blastx/blastp。 据分析,当针对NCBI-nr数据库进行显着比对,预期值低于10 -3时,DIAMOND比BLAST比对大约快20,000倍于,并具 … WebDec 12, 2024 · 建库结束后就可以开始diamond的运行了,最基本的使用方法也是相当简单: diamond blastx -d nr -q reads.fna -o matches.m8. 下面给大家讲讲,其它比较重要的参数,方便大家使用:-threads/-p ###线程的使用数目,默认下diamond会自动探测当前环境下线程的数目,并全部使用 city club boise